Struktur organisasi Academic Health System Universitas Gadjah Mada (AHS UGM) merupakan kombinasi dari dua model struktur organisasi, yaitu model hirarki dan model matriks.
Elemen tertinggi dari Struktur Organisasi AHS UGM adalah dewan penasehat (advisory board). Dewan penasehat bertugas untuk menyediakan wawasan/insight dan kebijaksanaan/wisdom terkait isu-isu prioritas kesehatan terkini di wilayah kerja AHS UGM. Dewan ini dibentuk oleh unsur kementerian, unsur gubernur, unsur bupati/walikota, dan unsur rektor.
Dewan direksi (board of directors) merupakan elemen struktur organisasi yang terdiri atas unsur dekan, unsur direktur utama rumah sakit pendidikan, unsur kepala dinas, serta unsur-unsur pimpinan stakeholders lain yang terkait. Tugas dan tanggung jawab dari dewan direksi adalah untuk: i) Menentukan arah strategis AHS UGM dalam satu periode tertentu (tertuang dalam dokumen Rencana Kegiatan Bersama); ii) Menunjuk Direktur Eksekutif AHS UGM; serta iii) Memonitor dan mengevaluasi capaian Direktur Eksekutif AHS UGM.
Direktur Eksekutif merupakan individu yang bertanggung jawab terhadap keseluruhan aktivitas AHS UGM. Seorang direktur eksekutif berkewenangan untuk menentukan, memonitor, dan mengevaluasi kinerja centre of excellence (CoE). Dalam membantu kinerjanya, direktur eksekutif dapat membentuk komponen-komponen pengurus harian, seperti sekretaris, komite, dan tim khusus. Direktur Eksekutif AHS UGM merupakan individu yang independen dan bebas kepentingan, dalam artian bahwa individu tersebut tidak menjabat sebagai pimpinan dari institusi anggota AHS UGM.
Sekretaris bertugas untuk membantu direktur pelaksana dalam mengelola urusan administratif kegiatan-kegiatan CoE. Sekretaris AHS UGM terdiri atas representatif dari tiga unsur yang membentuk struktur inti AHS UGM: i) Representatif FK-KMK UGM; ii) Representatif RSUP Dr. Sardjito sebagai rumah sakit pendidikan utama; serta iii) Representatif RSA UGM sebagai perwakilan rumah sakit pendidikan jejaring/afiliasi.
Dalam kepengurusan tahun 2022-2027, Direktur Eksekutif AHS UGM membentuk tim khusus pengembangan sumber daya manusia, teknologi, dan program. Tim khusus ini terdiri atas para pemikir yang diberi tugas langsung oleh direktur eksekutif untuk mengembangkan program-program inovatif yang dapat diaplikasikan oleh menunjang kerja CoE.
Komite dibentuk untuk membantu direktur eksekutif dalam mensinkronisasi kebijakan-kebijakan yang diperlukan agar CoE dapat bekerja secara optimal. Selain itu, pembentukan komite juga ditujukan untuk mengembangkan solusi terhadap isu-isu lintas institusi yang berpotensi menghambat proses kolaborasi. Terdapat tiga komite yang dibentuk dalam kepengurusan 2022-2027, yaitu: i) Komite koordinasi dan pemajuan pendidikan; ii) Komite sinergi dan pengembangan penelitian; serta iii) Komite peningkatan kualitas layanan dan pengabdian kesehatan. Masing-masing komite dibentuk oleh dua unsur, yaitu: i) Unsur konseptor (para wakil dekan, para wakil direktur rumah sakit, serta kepala bidang di dinas kesehatan); dan ii) Unsur pelaksana (individu-individu yang ditugaskan untuk melaksanakan pendidikan, penelitian, dan pelayanan di institusi anggota AHS UGM).
CoE merupakan kelompok kerja yang dibentuk berbasis program prioritas yang tertuang dalam Rencana Kegiatan Bersama AHS UGM. Jenis-jenis CoE ditentukan oleh direktur eksekutif. CoE bertugas untuk menerjemahkan arahan dan melaksanakan program yang diberikan oleh direktur eksekutif. Ketua CoE ditentukan berbasis musyawarah oleh para anggotanya.